กระบวนการเผาผลาญยา (อังกฤษ:Drug metabolism) คือกระบวนการเผาผลาญยาหรือสารประกอบเคมีจะมีการเปลี่ยนแปลงคุณสมบัติทางชีวเคมีหรือการเสื่อมสะลายทางเคมีโดยส่วนใหญ่จะเกี่ยวข้องกับระบบเอ็นไซม์ ในกระบวนการเผาผลาญยาบ่อยครั้งจะเป็นการเปลี่ยนคุณสมบัติจากสารประกอบเคมีที่ ไม่ชอบน้ำ (lipophilic) ไปเป็นสารประกอบเคมีที่ชอบน้ำ (Hydrophilicity)เพื่อว่ามันจะสามารถละลายได้ในน้ำและถูกขับออกมากับปัสสาวะ ช่วงเวลาของการคงอยู่ในสภาพเป็นยาที่มีฤทธิ์ในการรักษามีความสำคัญมาก ผลของการเผาผลาญยาอาจทำให้เกิดพิษ (toxication) หรือเป็นการ กำจัดพิษ (detoxication) ส่วนใหญ่เป็นการกำจัดพิษ